学校以高精尖为教育发展方向，开展本科、硕士和博士层次的学历教育以及非学历教育。学校远期办学规模为5000人，本科生与研究生比例为1:1。学校从2017年起招收本科生、硕士研究生，从2018年起招收博士研究生。

学校采用中文、俄语、英语三种语言进行教学，国内本科招生录取打破一考定终身的传统招生制度，采用基于高考的“631综合评价”模式。考生被录取后，将在莫斯科大学和深圳北理莫斯科大学同步注册，同时获得两校学籍。

本科生教育按照国家规定和办学协议颁发深圳北理莫斯科大学学历学位证书和莫斯科大学毕业证书（含学位）。研究生教育实施莫斯科大学培养方案，颁发莫斯科大学硕士学位和博士学位证书。