深圳北理莫斯科大学计算数学与控制系成立于2017年，以下简称数学系。
数学系共开设3个专业，1个本科专业、1个硕士研究生专业以及1个博士研究生专业。
2017年9月，开设“数学与应用数学”本科专业。
2019年，“数学与应用数学”专业获评广东省教改项目《以一流本科专业建设推进应用数学与计算机技术交叉融合人才培养的创新与研究》。
2021年6月，完成学士学位申报工作，获得本科学位授予权。
2021年9月，开设“应用数学与技术”硕士研究生专业。
2021年10月，数学学科入选 “冲一流、补短板、强特色”提升计划重点建设学科。
2021年11月，“数学与应用数学”入选广东省一流本科专业建设点。
2022年6月，本科课程“最优化控制”获评广东省2021年省线下一流本科课程。
2023年9月，开设“数学与力学”博士研究生专业。
2023年9月，数学系获2023年深圳市教育工作先进单位。
截至2024年，专任教师队伍共75人，主要来自莫斯科大学计算数学与控制系。其中俄罗斯科学院院士2人、自然科学院院士2人，教育部特聘教授4名，德国洪堡学者与中国国家级青年人才称号1人、教授10人，副教授24人，具有博士学位教师60人，现已初步建立了一支爱岗敬业、教学经验丰富的高水平师资队伍。
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