在科学研究方面，马克思主义学院依托地域优势和研究队伍的前期基础，形成“港澳青年国家认同研究”“深圳改革开放口述史研究”等重点研究方向和学术生长点，力争以一系列高水平研究成果支撑粤港澳大湾区和深圳社会主义先行示范区建设。团队现已取得科研成绩包括：
科研项目：
郭正林：《新时代深港融合发展研究》深圳市哲学社会科学规划2022年度重点项目，2022年8月20日；
郭正林：《1949-1978年港澳青年的国家认同研究》，广东省社科规划2022年度党史特别委托项目，2022年12月；
袁晓江：《“闯”和“创”成就了深圳——特区精神与特区成功经验研究》，深圳北理莫斯科大学思想政治教育课题，2023年7月。
科研论文：
袁晓江：《让亲历者讲改革开放》，《深圳特区报》，2023-10-31；
郭正林：《深港共建海洋湿地国家公园的意见和建议》，《紫荆论坛》，2022年11-12月号第65-69页；
郭正林：《“加快推动深港协同创新发展——以福田为基点”》，《紫荆论坛》，《紫荆论坛》2022年7-8月号第56-60页；
郭正林等：《准确把握“融入国家发展大局”的含义》，《紫荆》，2022-08-19；
郭正林等：《深港协同发展亟需五大突破》，《紫荆》，2022-07-26。
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学院未来还将继续围绕深港融合发展、“一带一路”国家和城市治理、改革开放历史、毛泽东调查研究方法等研究方向，对标学校发展特色，加快中华人民共和国国史国外档案文献研究等项目的推进，加强学科建设研究，形成系列标志性成果。
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